DNA sequencing in the classroom: complete genome sequence of two earwig (Dermaptera; Insecta) species

BACKGROUND: Despite representing the largest fraction of animal life, the number of insect species whose genome has been sequenced is barely in the hundreds. The order Dermaptera (the earwigs) suffers from a lack of genomic information despite its unique position as one of the basally derived insect groups and its importance in agroecosystems. As part of a national educational and outreach program in genomics, a plan was formulated to engage the participation of high school students in a genome sequencing project. Students from twelve schools across Chile were instructed to capture earwig specimens in their geographical area, to identify them and to provide material for genome sequencing to be carried out by themselves in their schools. RESULTS: The school students collected specimens from two cosmopolitan earwig species: Euborellia annulipes (Fam. Anisolabididae) and Forficula auricularia (Fam. Forficulidae). Genomic DNA was extracted and, with the help of scientific teams that traveled to the schools, was sequenced using nanopore sequencers. The sequence data obtained for both species was assembled and annotated. We obtained genome sizes of 1.18 Gb (F. auricularia) and 0.94 Gb (E. annulipes) with the number of predicted protein coding genes being 31,800 and 40,000, respectively. Our analysis showed that we were able to capture a high percentage (≥ 93%) of conserved proteins indicating genomes that are useful for comparative and functional analysis. We were also able to characterize structural elements such as repetitive sequences and non-coding RNA genes. Finally, functional categories of genes that are overrepresented in each species suggest important differences in the process underlying the formation of germ cells, and modes of reproduction between them, features that are one of the distinguishing biological properties that characterize these two distant families of Dermaptera. CONCLUSIONS: This work represents an unprecedented instance where the scientific and lay community have come together to collaborate in a genome sequencing project. The versatility and accessibility of nanopore sequencers was key to the success of the initiative. We were able to obtain full genome sequences of two important and widely distributed species of insects which had not been analyzed at this level previously. The data made available by the project should illuminate future studies on the Dermaptera.

Perforated duodenal ulcer after laparoscopic roux-y gastric bypass. Case report / Perforación duodenal posterior a bypass gástrico con reconstrucción en Y de Roux. Reporte de caso

SUMMARY Introduction: Gastric bypass is one of the strategies that have shown better results in the management of obesity, since this technique is the one that strikes a better balance between risk, side effects and long-term results. It consists in the creation of a gastric reservoir that anastomosis to the jejunum, reducing the size of the gastric chamber and thus the patient tolerates less food and decreasing its intake. One of the less frequent late complications is duodenal perforation. For this reason, we present this case report, according to the CARE guideline. Case presentation: 47-year-old male patient with a history of gastric bypass due to obesity, who consults for sudden onset of abdominal pain. Physical examination showed signs of peritoneal irritation and systemic inflammatory response. Exploratory laparoscopy was performed with suspected hollow viscus perforation, which evidenced a 1 cm ulcer on the anterior aspect of the duodenal bulb, requiring omentoplasty by laparotomy. Conclusions: Perforated duodenal ulcer in patients with a history of gastric bypass is a rare diagnosis. It has a non-specific clinical presentation, which is why exploratory laparoscopy is considered a valid diagnostic and therapeutic strategy.

RESUMEN Introducción: una de las estrategias que han demostrado resultados superiores para el manejo de la obesidad es el bypass gástrico, ya que esta técnica es la que reúne un major equilibrio entre el riesgo, efectos secundarios y los resultados a largo plazo. Consiste en la creación de un reservorio gástrico que se anastomosa al yeyuno, reduciendo el tamaño de la cámara gástrica y haciendo que el paciente tolere menos los alimentos, para que se disminuya la ingesta de estos. Dentro de las complicaciones tardías menos frecuentes se encuentra la perforación duodenal, motivo por el cual se presenta este reporte de caso de acuerdo con la guía CARE. Presentación del caso: hombre de 47 años y antecedente de bypass gástrico por obesidad, que consulta por dolor abdominal de inicio súbito. A la valoración con examen físico con hallazgos de irritación peritoneal y signos de respuesta inflamatoria sistémica. Es llevado a laparoscopia exploratoria con sospecha de perforación de la víscera hueca. Se evidenció una úlcera en la cara anterior del bulbo duodenal de 1 cm que requirió de epiploplastia por laparotomía. Conclusiones: la úlcera duodenal perforada en pacientes con antecedente de bypass gástrico es un diagnóstico poco frecuente con presentación clínica inespecífica, por esto se considera la laparoscopia exploratoria como una estrategia diagnóstica y terapéutica válida.

Evaluación de resultados en una serie de pacientes con reparación de aneurimas aórticos mediante endoprótesis fenestradas / Evaluation of results in a series of patients with repair of aortic aneurims by fenestrated graft stent

Resumen Introducción: el aneurisma de aorta tiene una prevalencia de 5,7%; sin tratamiento su desenlace final es la ruptura y en ocasiones la muerte. En la actualidad, existe el reparo endovascular mediante prótesis fenestradas para pacientes en quienes es inviable el procedimiento quirúrgico. Están diseñadas para adaptarse a la anatomía única de cada paciente y dan cabida al flujo de uno o más vasos viscerales logrando resultados satisfactorios. Objetivo: reportar una serie de casos de pacientes con aneurismas de aorta tratados mediante endoprótesis fenestradas en un centro de referencia cardiovascular de Medellín, Colombia, entre 2013 y 2017. Método: estudio descriptivo, restrospectivo, de una serie de casos, cuya información se obtuvo por medio de una fuente secundaria. Resultados: los resultados se presentaron como porcentajes y frecuencias. Se utilizó el programa SPSS versión 20.0. La mayoría de los pacientes fueron hombres, con promedio de edad de 69,5 ±7,9 años. La mediana del diámetro aneurismático fue de 6,0 cm (RIQ 5,0-8,25). La mayoría de las complicaciones fueron vasculares. El 80,0% de los pacientes tuvieron algún seguimiento radiológico al mes, 6 meses o a los 12 meses después de la intervención; el 100,0% requirió revascularización del o los vasos intervenidos. Conclusiones: se considera que el balance adecuado entre riesgos y beneficios que otorga la técnica hace que, para el grupo específico de pacientes cuyas características clínicas y anatómicas hacen poco factible la cirugía, el uso de las prótesis fenestradas sea seguro y tenga resultados clínicos y de supervivencia similares al compararse con la literatura.

Abstract Introduction: Aortic aneurysm has a prevalence of 5.7%. Its final outcome without is a rupture, and occasionally death. Endovascular repair can currently be carried out using a fenestrated stent graft in patients in whom a surgical procedure is not feasible. These grafts are designed to adapt to the unique anatomy of each patient, and makes room for one or more visceral vessels to flow, achieving satisfactory results. Objective: To report a case series of patients with aortic aneurysms treated with a fenestrated stent graft between 2013 and 2017 in a cardiovascular reference centre in Medellín, Colombia. Method: A descriptive, retrospective study was conducted on a case series, in which the information was obtained for a secondary source. The results are presented as percentages and frequencies. The statistics program SPSS version 20.00 was used. Results: The majority of patients were male, and the mean age was 69.5 ±7.9 years. The median aneurysm diameter was 6.0 cm (IQR 5.0-8.25). The majority of complications were vascular. Some type of radiological follow-up was carried out on 80% of the patients at one month, 6 months, and 12 months after the intervention. All of them (100%) required revascularisation of the vessels intervened. Conclusions: The risk-benefit ratio is considered adequate for this technique. It means that, for the specific group of patients that have clinical and anatomical characteristics that make surgery highly unlikely, the use of fenestrated stent grafts are safe, and have similar clinical and survival results when compared with the literature.

Instrumento de evaluación para el desarrollo en edades tempranas de Frugone y Miño / Assessment instrument for early development of Frugone & Miño

OBJETIVO: Proponer una batería para evaluar el desarrollo motor para estudiantes de primer ciclo básico. METODOLOGÍA: se evaluó una muestra de 190 estudiantes, pertenecientes a tres establecimientos educacionales de la ciudad de Talca, Chile. El rango de edad oscila entre los 5 y 9 años de edad. RESULTADOS: El instrumento evidenció valores aceptables confiabilidad y consistencia interna (Alpha de Cronbach 0,829) Los puntos de corte adoptados son: p<33 Inicial, ≥p33 a p66 Elemental y ≥p66 maduro. Los resultados demuestran que no existen diferencias entre ambos géneros en relación a las habilidades motrices básicas de locomoción, manipulación y equilibrio. CONCLUSIÓN: test de Frugone y Miño es un instrumento fiable para contribuir de forma segura y confiada en la evaluación de los niveles del desarrollo motor en estudiantes escolarizados de primer ciclo básico, lo que sugiere su uso y aplicación en el colegio para monitorizar el progreso del desempeño motor de los alumnos de ambos sexos.

OBJECTIVE: Propose a cognitive assessment (battery) to evaluate the motor development of students during the first basic cycle. METHODOLOGY: A sample of 190 students was evaluated, belonging to three educational establishments in the city of Talca, Chile. The age range varied between 5 and 9 years of age. RESULTS: The instrument showed acceptable values, reliability and internal consistency (Cronbach's Alpha 0.829). The cutting points adopted are: p <33 Initial, ≥p33 to p66 Elemental and ≥p66 mature. CONCLUSION: Frugone & Miño test is a reliable instrument to safely and confidently contribute to the evaluation of the motor development levels in students enrolled in the first basic cycle, which suggests its use and application in school to monitor the progress of the motor performance of students from both sexes. The results show that there are no differences between both genders in relation to the basic motor skills of locomotion, manipulation and balance.

Trasplante hepático por hepatitis autoinmune en Paraguay / Liver transplantation for autoimmune hepatitis in Paraguay

Introducción: El trasplante hepático es un tratamiento eficaz para los pacientes con enfermedad hepática terminal crónica o aguda, incluida la hepatitis autoinmune (HAI). Las hepatitis autoinmunes constituyen un grupo heterogéneo de enfermedades hepáticas que afectan más frecuentemente al sexo femenino, caracterizadas por lesiones necrótico-inflamatorias, mediadas inmunológicamente y multifactorial. Objetivos: determinar la prevalencia, las características demográficas, la severidad de la hepatopatía y la forma de diagnóstico de los pacientes con HAI tratados con Trasplante Hepático en nuestro país. Material y métodos: Estudio observacional, descriptivo, de corte transversal con datos colectados prospectivamente, de pacientes adultos, de ambos sexos, con diagnóstico de Hepatitis Autoinmune en estado de cirrosis tratados con un trasplante hepático en la Unidad de Trasplante Hepático del Hospital de Clínicas, dependiente de la Facultad de Ciencias Médicas, Universidad Nacional de Asunción, desde marzo del año 2015, hasta octubre de 2018. Resultados: fueron sometidos a Trasplante Hepático un total de 12 pacientes. La mayoría de los pacientes trasplantados fueron del sexo femenino correspondiendo a 58.3 % (7/12). La edad promedio de los receptores fue de 39,4 años (19-61). Las indicaciones del trasplante hepático fueron: hepatitis autoinmune en estadio cirrótico descompensado en el 50% (6/12) de los casos, Colangitis Esclerosante Primaria en el 16,6% (2/12), Cirrosis Criptogenética en 16,6% (2/12), Lesión Quirúrgica de la Vía Biliar post colecistectomía en estado de Cirrosis Biliar Secundaria en un caso y por último, un caso por Hepatitis Fulminante secundaria a hepatotoxicidad farmacológica. Los pacientes trasplantados por Hepatitis Autoinmune tuvieron una edad promedio de 29,8 años (19-51) y el sexo predominante fue el femenino en 83,3% (5/6) de los casos.

Introduction: Liver transplantation is an effective treatment for patients with chronic or acute terminal liver disease, including autoimmune hepatitis (HAI). Autoimmune hepatitis is a heterogeneous group of liver diseases that most frequently affect the female sex, characterized by necrotic-inflammatory lesions, immunologically mediated and with multifactorial origin. Objectives To determine the prevalence, the demographic characteristics, the severity of liver disease and the diagnosis of HAI treated with liver transplants in Paraguay. Material and methods: Observational, descriptive, cross-sectional study with prospectively collected data of adult patients of both sexes, treated with liver transplant for autoimmune hepatitis in decompensated cirrhotic stage, in the Liver Transplant Unit of the Hospital de Clínicas, Faculty of Medical Sciences, National University of Asunción, from March 2015, until October 2018. Results: a total of 12 patients underwent liver transplantation. The majority of transplant patients were female, corresponding to 58.3% (7/12). The average age of the recipients was 39.4 years (19-61). The indications for liver transplantation were: autoimmune hepatitis in decompensated cirrhotic stage in 50% (6/12) of cases, primary sclerosing cholangitis in 16.6% (2/12), cryptogenic cirrhosis in 16.6% (2 / 12), post colecistectomy surgical injury of the bile duct with secondary biliary cirrhosis in one case and finally, one case of fulminant hepatitis secondary to pharmacological hepatotoxicity. The patients transplanted for Autoimmune Hepatitis had an average age of 29.8 years (19-51) and the predominant sex was female, corresponding to 83.3% (5/6)of cases.

Aspectos inmunitarios del desnutrido infectado / Immunitary aspects of the malnourished infected

La desnutrición proteico-calorica (DPC) contribuye en gran medida a la alta morbimortalidad infantil en los países en desarrollo y en las comunidades más pobres del mundo desarrollado. Frecuentemente desnutrición e infección actúan sinergísticamente y ejercen un efecto negativo sobre la función inmunitaria de manera que la inmunocompetencia del desnutrido se ve severamente comprometida. Con la finalidad de conocer la respuesta inmunitaria del desnutrido infectado y compararla con el desnutrido sin infección y con el eutrófilo infectado se estudiaron 34 pacientes de edades comprendidas entre 5 y 24 meses y distribuidos así: 12 desnutridos sin infección (DSI), 11 desnutridos con infección (DCI) y 11 eutrófilos con infección (ECI) 10 niños eutróficos de la misma edad sirvieron como grupo control. Las siguientes pruebas inmunológicas fueron realizadas: cuantificación de inmunoglobulinas séricas IgG, IgA e IgM cuantificación de subpoblaciones linfocitarias CD3, CD4 y CD8, determinación de Complemento C3 y Proteína C Reactiva (PCR). Los resultados obtenidos fueron los siguientes: se encontraron valores elevados de las inmunoglobulinas séricas IgG, IgA, IgM en el desnutrido sin infección estadísticamente no significativas en relación con el grupo control. La IgG mostró un aumento significativo p 0.025 en el desnutrido infectado, sin embargo no hubo diferencia significativa entre estos dos grupos y el grupo de eutróficos infectados. Las subpoblaciones CD3 y CD4 mostraron valores inferiores al grupo control en el desnutrido no infectado (p 0.05). Hubo un incremento de CD3 y CD4 en el desnutrido infectado alcanzando cifras similares a las del eutrófico infectado. Los valores de C3 fueron significativamente inferiores en el desnutrido sin infección en relación con el grupo control (p 0.05) y estos valores disminuyeron aún más en el desnutrido infectado con significancia estadística entre ambos grupos p 0.001. El 33 por ciento de los desnutridos sin infección mostraron PCR positiva (6 mg/L), el 100 por ciento de los eutróficos infectados elevaron su PCR con cifras entre 24 y 48 mgr/L en el 63 por ciento de ellos, mientras que sólo el 72.7 por ciento de los desnutridos infectados presentaron la PCR en su suero

Aspectos inmunológicos del desnutrido I: el desnutrido en recuperación nutricional / Immunological aspects of malnutrition I: the undernourished after nutritional recovery

La desnutrición es un determinante crítico de la inmunocompetencia con alteraciones de la respuesta inmunitaria y de riesgo de enfermedad durante la edad pediátrica especialmente en los países en desarrollo. Los niños con malnutrición o desnutrición proteico-calórica muestran un aumento de su mortalidad y morbilidad debido principalmente a enfermedades infecciosas. Con la finalidad de investigar el comportamiento inmunológico en el desnutrido, se estudiaron en un lapso de año y medio, 12 desnutridos (5 kwashiorkor, 5 marasmáticos, 1 marasmo/kwashiorkor y 1 desnutrido moderado) de edades comprendidas entre 5 y 24 meses, sometidos a terapia nutricional en el servicio de recuperación nutricional (SERN) del Hospital Chinquinquirá de Maracaibo, Venezuela. Para ello se realizaron diferentes pruebas de laboratorio al momento del ingreso y a las 4 y 8 semanas de estar bajo terapia nutricional, se cuantificaron las inmunoglobulinas séricas (IgG, IgA e IgM), la IgA secretora, los componentes C3 y C4 del complemento, las subpoblaciones linfocitarias CD3, CD4 y CD8, se realizaron pruebas cutáneas de hipersensibilidad tardia y se determinaron anticuerpos (antinucleares, antitiroideos y factor reumatoide). Como grupo control se incluyeron 10 niños de igual edad y sexo. Se encontró que los valores de inmunoglobulinas séricas al ingreso, no difirieron significativamente del grupo control y que igualmente no mostraron variación a lo largo del estudio. Hubo valores muy bajos para la IgA secretora en la primera determinación, los cuales permanecieron por debajo del grupo control hasta el final del estudio. Se encontraron valores inferiores estadísticamente significativos para el complemento C3 pero no para el C4 y estos valores se normalizaron al final del estudio. Se encontró una disminución estadísticamente significativa en el porcentaje de las poblaciones linfocitarias CD4 y CD3 las cuales alcanzaron el valor normal antes de finalizar el estudio. Las pruebas cutáneas fueron positivas solo en dos pacientes. La investigación de anticuerpos fue negativa. Se concluye en este estudio que la competencia inmunitaria en el desnutrido se encuentra alterada especialmente para el C3, la IgA secretora y las poblaciones linfocitarias CD3 y CD4 y que estas alteraciones son reversibles en un tiempo variable para cada una de ellas